Het onderzoek richt zich op de inhoud, betekenis en zeggingskracht van gereformeerde theologie en haar betekenis voor kerk, wetenschap, politiek en samenleving vandaag. De TU wil vanuit dit perspectief de christelijke geloofstraditie levend houden en verder doordenken. Het onderzoek is multidisciplinair van opzet en zoekt de verbinding met de geesteswetenschappen en sociale wetenschappen.

Het onderzoek voor de periode 2018-2023 kent drie programmalijnen, gekoppeld aan drie onderzoeksgroepen.

Aan de TU zijn het Center for Church and Mission in the West (CCMW) en het Neocalvinist Research Institute (NRI) gevestigd. De onderzoeksgroep BEST (Bijbelse Exegese en Systematische Theologie) is de gezamenlijke onderzoeksgroep van de TU Apeldoorn en de TU Kampen).

1. CCMW staat onder leiding van prof.dr. Stefan Paas. De focus is de rol van de kerk in de westerse (seculiere) context.
2. NRI staat onder leiding van prof.dr. George Harinck. De focus is de traditie van calvinisme en neocalvinisme en de betekenis daarvan voor publieke theologie, samenleving, onderwijs.
3. BEST staat onder leiding van prof.dr. A. Huijgen. De focus van het onderzoek is gericht op Bijbelwetenschappen en kernthema’s van de gereformeerde theologie.

Onderzoek aan de TU is voor een deel afgestemd op de kerkelijke en maatschappelijke praktijk of komt tot stand in samenwerking met partners. Toegepast onderzoek vindt plaats via onder meer het Praktijkcentrum (samen met Viaa), het Deddens Kerkrechtcentrum (onderdeel van CCMW) en het Expertisecentrum Jeugd en Onderwijs (onderdeel van NRI).

In november 2018 heeft de zesjaarlijkse onderzoeksvisitatie plaatsgevonden, waarbij het gezamenlijk onderzoek van TUA en TU Kampen is getoetst op kwaliteit. Hieronder is het rapport dat n.a.v. deze visitatie is opgesteld te vinden en de reactie van de universiteiten hierop.